一、拆迁补偿价格和市场实际价格严重脱节
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拆迁补偿标准没有和市场接轨是房屋拆迁矛盾的核心问题。主要表现在：
一是拆迁补偿标准过低。一些地方政府通过拆迁人申请，物价、国土、建设三部门联合下文的方式，代替房屋拆迁市场主体的自由选择，单方确定补偿标准。从而导致补偿价格与市场价格相差甚远，被拆迁人获得的补偿价远远低于同地段商品房售价，甚至低于同地段的二手房价，在主观上造成了被拆迁人购房的经济负担。
二是房价涨了拆迁补偿价格不变。近几年来，土地使用权出让价、商品房价格和二手房价格在不断攀升，而各地政府制定的补偿标准却多年停滞不动，给被拆迁人造成巨大的利益损失。
三是现行的法律法规对被拆迁人的土地使用权没有明确补偿规定，拆迁补偿只补偿被拆迁人的地上建筑物，而其土地使用权没有得到应有的补偿。被拆迁人因土地使用权的丧失而导致的损失，仅以房屋补偿名义是难以完全涵盖的。
二、公益性拆迁和商业性拆迁没有具体明确的界定
假借“公共利益”之名，行商业拆迁之实，激化了房屋拆迁矛盾。主要表现在：
一是《城市房屋拆迁管理条例》对拆迁项目的公益性和商业性没有区分，偏重于对开发商利益的保护，使被拆迁人的利益要求得不到有效伸张。一些地方政府在房屋拆迁中以个人利益要服从“公共利益”为由，非法地介入商业性目的强制拆迁。
二是目前我国现行法律对“公共利益”内涵没有具体明确规定，导致在实际拆迁工作中，作为政府的一项强制性拆迁行政权力的使用被扩大化了。一些地方政府给一些开发项目挂上“公共利益”的幌子，借助政府的公共权力，侵害被拆迁人私有财产权。
三、被拆迁困难户得不到妥善安置失去生存基础
安置房源紧缺、地段偏远、“因拆致贫”的问题，没有引起一些地方政府的足够重视。
在房屋拆迁过程中，存在着拖欠、挪用、滞留安置资金以及安置滞后现象，尤其是安置房源紧缺，擅自抬高回迁房价，致使房屋拆迁后，被拆迁人和房屋承租人的居住安置面临较严重的困境。低收入、低补偿的被拆迁人在拿到数目有限的拆迁补偿费后，只能选择迁移到地价相对便宜的城市边缘居住。被拆迁人居住地的“城市边缘化”，使被拆迁人生存成本大增，谋生手段又需要从头再来，交通、购物、子女入学都成为棘手的问题，在一定程度上导致了被拆迁人生活水平的下降。
有些城市的“旧城改造”已成了被拆迁人的噩梦。老城区是贫困人群相对比较集中的地方，存在着一定数量小户型房屋、违章房屋，这部分被拆迁人在拆迁前还能够维持基本的生存条件，但拆迁后将使这些家庭住房更困难，生活更加贫困。
